KIFO er organisert som en privat stiftelse. Fra 2002 er KIFO på statsbudsjettet, gjennom Kirke- og kulturdepartementet. Før det fikk vi tilskudd fra Kirke-, utdannings- og forskningsdepartementet og fra Kirkerådet, og da gjennom Opplysningsvesenets fond. Fra 2014 får KIFO statstilskuddet gjennom Kirkerådet.

I tillegg til en fast stab lokalisert på Diakonhjemmet, er KIFO et forskernettverk bestående av 10 organisasjoner, deriblant utdanningsinstitusjoner som driver med forskning på våre fagfelt.

KIFO har tre publikasjonsserier:
KIFO Perspektiv for større vitenskapelig arbeider (Nasjonalt vitenskapelig nivå 1) Serien opphørte i 2014
KIFO Rapport ( i ny versjon fra 2012) er primært rapporter til eksterne oppdragsgivere
KIFO Notat som er mindre forskningsrapporter